ניכוי מס במקור מתייחס לחובה החלה על המשלם לנכות מס הכנסה מהתשלום למוטב, ולהעביר לרשויות המס את הסכום שנוכה. למעשה חובת המס היא של המוטב הזכאי לתשלום, אך החובה לנכות את המס, באופן מלא או חלקי, חלה על המשלם.